آنچه مسلم است این است که طرفین پیمان نمی‌توانند با توافق هم شرط داوری از بین ببرند. چراکه، شرایط عمومی پیمان یک سند اداری و دولتی است که پیمانکار هم موافق با زوال داوری باشد کارفرما به علت وابستگی به اداره‌ی متبوع خویش و اطاعت از مقررات اداری حق ندارد شرط داوری مندرج در بند (ج) ماده ۵۳ شرایط عمومی پیمان را به‌اتفاق پیمانکار زایل کند. از طرفی، سازمانی بودن داوری شورای عالی فنی بحث مربوط به فوت یا حجر شورای عالی فنی را منتفی می‌سازد.

اما موارد زیر می‌تواند از علل زوال داوری در پیمان تلقی شود:

• غیر عمرانی بودن محل اعتبار موضوع پیمان

 نظر به اینکه رسیدگی شورای عالی فنی به اختلافات طرفین پیمان بر اساس مصوبه‌ی هیئت‌وزیران تنها در خصوص پیمان‌هایی است که محل اعتبار آن‌ها از اعتبارات عمرانی بودجه کل کشور تأمین گردیده لذا هرگاه اختلافی به شورای مزبور ارجاع شود که اعتبار مالی از طرح‌های غیر عمرانی باشد، شورا صلاحیت رسیدگی به آن اختلاف را ندارد. به همین دلیل هرگاه اختلافی بین طرفین حادث شود که اعتبار مالی آن پیمان از محل طرح‌های غیر عمرانی باشد لازم است بدوا به هنگام ارجاع اختلاف به شورای عالی فنی صریحاً قید شود که اعتبار طرح از محل طرح‌های غیر عمرانی است. در این حالت معمولاً دبیرخانه‌ی شورای عالی فنی به متقاضی اعلام می‌کند که موضوع گونه‌ای نیست که قابل‌طرح و رسیدگی در شورا باشد. البته گاهی با پاسخ‌های مبهم و مشروط متقاضی را در حالت سردرگم قرار می‌دهد که لازم است از شور تقاضا شود که جهت جلوگیری از اختلال در روند رسیدگی در دادگاه نظر خود را صریحاً اعلام کند تا در چارچوب ماده 463 قانون آیین دادرسی دادگاه‌های عمومی و انقلاب موضوع اختلاف قابل‌طرح در دادگاه ذی‌صلاح صورت بگیرد.

• صدور رأی با تأخیر بیش از سه ماه یا مدت مندرج در قرارنامه داوری

در شرایط عمومی پیمان مدتی برای داوری شورای عالی فنی پیش‌بینی‌نشده و چون شورا فاقد قواعد و آیین داوری لازم‌الاجراست لذا مطابق تبصره‌ی ماده 484 قانون آیین دادرسی دادگاه‌های عمومی و انقلاب (در امور مدنی) شورای عالی فنی مکلف است ظرف سه ماه از تاریخ قبول تقاضای متقاضی داوری، به موضوع رسیدگی کند. بااین‌حال، چون پیش از آغاز داوری بنا به دعوت دبیرخانه شورای عالی فنی از طرفین درخواست می‌شود که قرارنامه‌ی داوری را امضا کنند و در قرارنامه‌ی داوری ابتدا مدت 6 ماه جهت رسیدگی تعیین شده و 6 ماه دیگر نیز برای تمدید آن به شورای عالی فنی اختیار تمديد تفویض می‌شود بنابراین هرگاه یکی از طرفین از امضای قرارنامه‌ی پیشنهادی شورا خودداری کند شورا تبعا حق ندارد بیش از سه ماه در صدور رأی داوری تأخیر نماید. وگرنه در صورت صدور رأی خارج از مدت قانونی (سه ماه) رأی شورا محکوم‌به بطلان خواهد بود. همچنین در صورت امضای قرارنامه‌ی داوری از سوی طرفین پیمان، هرگاه شورای عالی فنی نتواند رأی مقتضی در مدت مقرر در قرارنامه صادر کند، ایضاً رأی شورا باطل خواهد بود.

• صدور حکم دادگاه بر بطلان رأی شورای عالی فنی

اگر به هر دلیلی ازجمله موارد مندرج در ماده 489 قانون آیین دادرسی دادگاه‌های عمومی و انقلاب (در امور مدنی) رأی شورای عالی فنی از سوی دادگاه باطل شود موضوع مجدداً در دادگاه مورد رسیدگی قرار می‌گیرد. این امر می‌تواند یکی از موارد زوال داوری شورای عالی فنی به شمار آید.

• زوال دعوا

 انصراف متقاضی داوری از رسیدگی شورای عالی فنی به دعوای او، می‌تواند به‌عنوان زوال دعوا تلقی شود. وقتی دعوا زایل شود به‌خودی‌خود رسیدگی به دعوا یعنی داوری نیز از بین می‌رود.

• انتفای موضوع داوری

ممکن است به‌عنوان‌مثال پیمانکار مدعی وجهی از کارفرما شود که پس از طرح آن در شورای عالی فنی، با صدور بخشنامه‌ای از سوی دولت محلی برای مناقشه نباشد و کارفرما پس از صدور بخشنامه‌ی مذکور طلب پیمانکار را پرداخت نماید. در این صورت به‌تبع انتفای اصل دعوا، داوری شورای عالی فنی نیز منتفی و از بین می‌رود.

• بطلان قرارداد اصلی (پیمان)

اگر بنا به عللی پیمان انعقادیافته بین کارفرما و پیمانکار منتهی به بطلان گردد، ماده ۵۳ شرایط عمومی پیمان نیز به‌تبع آن از بین می‌رود. درنتیجه امکان طرح دعوای مربوط به بطلان یا خسارت‌های ناشی از بطلان پیمان در شورای عالی فنی وجود نخواهد داشت؛ زیرا در ماده ۵۳ شرایط عمومی پیمان، شرط داوری مستقل از اصل پیمان شناخته‌نشده است و بطلان پیمان به‌طور خودکار به‌شرط ضمن عقد ماده ۵۳ شرایط عمومی پیمان نیز تسری می‌یابد. آنچه مسلم است این است که طرفین پیمان نمی‌توانند با توافق هم شرط داوری از بین ببرند. چراکه، شرایط عمومی پیمان یک سند اداری و دولتی است که پیمانکار هم موافق با زوال داوری باشد کارفرما به علت وابستگی به اداره‌ی متبوع خویش و اطاعت از مقررات اداری حق ندارد شرط داوری مندرج در بند (ج) ماده ۵۳ شرایط عمومی پیمان را به‌اتفاق پیمانکار زایل کند. از طرفی، سازمانی بودن داوری شورای عالی فنی بحث مربوط به فوت یا حجر شورای عالی فنی را منتفی می‌سازد.